Nowy wariant wariantu koronawirusa 501Y-V2 z Republiki Południowej Afryki
18 grudnia 2020 r. Republika Południowej Afryki wykryła mutanta 501Y-V2 nowego koronawirusa.Teraz mutant z RPA rozprzestrzenił się w ponad 20 krajach.Eksperymenty wykazały, że powyżej mutanty nowego koronawirusa mogą przenosić inne warianty nowego koronawirusa mutacji K417N/T, E484K i N501Y, które mogą zmniejszać zdolność neutralizacji przeciwciał neutralizujących osocze wywołanych szczepionką.Jednak w porównaniu z genomem referencyjnym Wuh01 (numer sekwencji MN908947), sekwencja 501Y.V2 zmutowanego genomu południowoafrykańskiego ma 23 warianty nukleotydowe.Ma taką samą mutację N501Y jak mutant brytyjskiego podtypu B.1.1.7, ale nadal zawiera mutacje w dwóch kluczowych miejscach E484K i K417N białka S, które mają potencjalnie istotny wpływ na zdolność wirusa do infekcji.
Nowy koronawirus jest wirusem jednoniciowego RNA, którego mutacje genomu są częstsze.Wykrywanie pojedynczego celu może łatwo prowadzić do pominięcia wykrycia próbek o niskim obciążeniu wirusem i zmutowanych szczepów wirusa.Wskaźnik ponownego badania w przypadku pojedynczego wyniku pozytywnego w wykryciu celu może osiągnąć ponad 10%, co może zwiększyć obciążenie pracą i wydłużyć czas diagnozy.Wykrywanie wielu celów i wzajemna weryfikacja wyników każdego celu może zwiększyć wskaźnik wykrywania i ułatwić wczesną diagnozę.
Rysunek 1. Schematyczny diagram mechanizmu infekcji nowym koronawirusem
Nowy mutant koronawirusa B.1.1.7 z Wielkiej Brytanii
26 grudnia 2020 r. opublikowano w Internecie pierwszą pracę naukową dotyczącą szczepu B.1.1.7.Institute of Hygiene University of London UK and Tropical Diseases potwierdził, że szczep B.1.1.7 ma większą zdolność do rozprzestrzeniania się niż inne szczepy, co stanowi ponad 56% (95% CI 50-74%).Ponieważ ten nowy zmutowany szczep ma bardziej oczywistą moc transmisji, trudniej jest kontrolować COVID-19.Następnego dnia Uniwersytet Birmingham w Wielkiej Brytanii zamieścił artykuł na temat MedRxiv.Badanie wykazało, że liczba kopii genów wirusa ORF1ab i N u pacjentów zakażonych zmutowanym szczepem B.1.1.7 (wypadnięcie genu S) była znacząco zwiększona;zjawisko to było monitorowane w populacji.Ten artykuł wskazuje, że pacjenci zakażeni mutantem B.1.1.7 z Wielkiej Brytanii mają znacznie wyższe miano wirusa, więc ten mutant może być również bardziej patogenny.
Rysunek 2. Sekwencja mutacji genomu zawarta w zmutowanym szczepie koronawirusa B.1.1.7 z Wielkiej Brytanii
Rysunek 3. Mutacja N501Y wystąpiła zarówno w Wielkiej Brytanii, jak i RPAWarianty
Zestaw do wykrywania nowych wariantów koronawirusa
Chuangkun Biotech Inc. z powodzeniem opracował zestaw do wykrywania nowych wariantów koronawirusa B.1.1.7 i 501Y-V2.
Zalety tego produktu: wysoka czułość – jednoczesne wykrywanie 4 celów, obejmujących główne miejsca mutacji zmutowanego szczepu B.1.1.7 i południowoafrykańskiego zmutowanego szczepu 501Y.V2.Zestaw ten umożliwia jednoczesne wykrywanie miejsc mutacji N501Y, HV69-70del, E484K i nowego genu S koronawirusa;Szybki test: od pobrania próbki do wyniku potrzeba tylko 1 godziny i 30 minut.
Rycina 4. Wykrywanie krzywej amplifikacji wariantu brytyjskiego COVID-19
Rycina 5. Wykrywanie południowoafrykańskiej krzywej amplifikacji wariantu COVID-19
Rysunek 6. Krzywa amplifikacji nowego koronawirusa typu dzikiego
Nie jest jasne, w jaki sposób te mutacje kumulują nowy długoterminowy wpływ prawicy pandemicznej COVID-19.Ale to przypomina nam, że te mutacje mogą wpływać na skuteczność naturalnej odporności i odporności wywołanej szczepieniem.Przypomina nam również, że musimy stale monitorować nowego koronawirusa przez długi czas i aktualizować szczepionkę COVID-19, aby poradzić sobie z ewolucją nowego koronawirusa.
Czas publikacji: 12.03.-2021